Aplikasi yang paling terkenal dari protokol ini adalah untuk akses ke akun shell pada sistem operasi mirip Unix, tetapi juga dapat digunakan dengan cara yang sama untuk akun pada Windows. Ia dirancang sebagai pengganti Telnet dan protokol remote shell lainnya yang tidak aman seperti rsh Berkeley dan protokol rexec, yang mengirim informasi, terutama kata sandi, dalam bentuk teks, membuat mereka rentan terhadap intersepsi dan penyingkapan menggunakan penganalisa paket. Enkripsi yang digunakan oleh SSH dimaksudkan untuk memberikan kerahasiaan dan integritas data melalui jaringan yang tidak aman, seperti Internet.
